高中生侦探――工藤新一。虽然只有17岁，但凭借着来自于父亲（著名侦探小说家工藤优作）的优良遗传基因，以高超的推理能力破获了不少令警察都束手无策的悬案，成为了一位名侦探。

　　然而命运之神却跟他开了个大玩笑。在一次与他的女友小兰到游乐场约会的时候，新一无意间发现两个黑衣人正在进行非法交易，因为看的太入神被另一个黑衣人从后面击昏。黑衣人乘机给他喂下犯罪组织新研制出来的毒药。

　　然而新一却幸运的没有死，可是当他醒来的时候居然变成了5岁小孩的模样。如果让黑衣人组织知道新一还活着，就会招来杀身之祸，也会连累到身边的人，所以新一只把事情告诉了邻居阿笠博士。

　　这时小兰来到博士家找新一，在她的追问下新一急中生智脱口而出，谎称自己是阿笠的远房亲戚“江户川柯南”，柯南这两个字取自新一最崇拜的大侦探“福尔摩斯”之父――柯南道尔，而江户川则源自日本著名的侦探小说家江户川乱步。

　　新一在博士的帮助下成功的瞒过了小兰。为了搜集黑衣人组织的情报，他寄宿在小兰家――毛利侦探事务所。谁知小兰的父亲毛利小五郎只是一个三流的糊涂侦探（此人绝对够资格被评为史上最无能和最自大的糊涂侦探！），遇到棘手的案件时，柯南只能自己来侦破，再利用阿笠博士的发明让人以为是毛利小五郎的功绩，从而开始了一个“史上最年轻的名侦探”的精彩探案历程。

　　毛利小五郎在新一的帮助下一举成为名侦探，并被称为“沉睡的小五郎”！柯南成了小学生以后，被迫和几个小孩子组成了“少年侦探团”。

　　在之后调查案件的过程当中，柯南虽然再次遇到过喂他吃下毒药的黑衣男子，也曾经短时间地变回原状，可是始终无法完全恢复到原来的模样。也许我们的快乐正是建筑在柯南的痛苦之上的，柯南一定是很想以新一的身份和小兰在一起的，就是不知道这个梦想何时才能圆。大概只要有我们这些柯南迷的存在，还有没赚够本的青山大人是永远不会大发慈悲放过这位永不休假的名侦探的吧!